Shidou Itsuka se enfrenta a un peligro mayor que nunca debido a su continua relación con Ratatoskr. Ya ha sellado 10 espíritus, e Isaac Westcott, líder de Industrias Deus Ex Machina, finalmente ha decidido matar a Shidou y saquear los espíritus. poderes para sí mismo.
Para lograr su objetivo, Isaac declara una guerra total contra Ratatoskr, lo que obliga a la organización a agotar sus recursos para garantizar la supervivencia de Shidou. A pesar de ser superados en número y en desventaja, existe un rayo de esperanza en la forma del Espíritu del Tiempo, Kurumi Tokisaki. Shidou debe sellar y adquirir el poder de Kurumi para viajar al pasado y enfrentarse al Espíritu del Origen, el catalizador que inició todo.
[Escrito por MAL Rewrite]